东京奥运会共升起了三面旗帜，具体含义如下：

日本国旗

白色底色上有一个红色圆圈，象征日本的独立与主权。

奥林匹克旗

白色底色上由五个相互交织的彩色环组成，代表五大洲的团结与友谊，是奥运会的核心象征。

东京奥运会旗

白色底色上排列着五个连续的蓝色圆环，象征奥运精神与理念，体现全球运动员的团结与合作。

补充说明

各国参赛队伍的国旗会在赛事期间被升起，代表各自国家的参与；

奖牌旗为白色底色，带有奥林匹克五环标志，用于表彰获奖运动员；

闭幕式上通常还会升起东道主（日本）和下届奥运会主办国（2024年法国）的国旗。