杜甫在武侯亭写诸葛亮的相关诗句包括：

《八阵图》

功盖三分国，名高八阵图。

江流石不转，遗恨失吞吴。

《蜀相》

丞相祠堂何处寻？锦官城外柏森森。

映阶碧草自春色，隔叶黄鹂空好音。

三顾频繁天下计，两朝开济老臣心。

出师未捷身先死，长使英雄泪满襟。

《咏怀古迹五首 其五》

遗庙丹青落，空山草木长。

犹闻辞后主，不复卧南阳。

这些诗句分别表达了对诸葛亮功绩的赞美、对其忠诚精神的敬仰以及对未能实现理想的惋惜。