刘裕杀废帝的原因主要有以下几点：

为接班人扫清障碍：

刘裕作为一代雄主，出身寒族，以战功起家，最终推翻东晋建立刘宋。他深知政权不稳，为了确保自己的儿子刘义符能够顺利继承皇位，他必须消除潜在的威胁。废帝作为前朝的皇帝，其存在可能会成为新政权的一大障碍，因此刘裕选择将其废黜。

消除隐患：

刘裕在病重之际，考虑到自己时间无多，为了稳定朝局，他着手安排后事，并任命了顾命大臣来辅佐刘义符。在这个过程中，废帝的存在无疑是一个潜在的威胁，刘裕必须将其除掉，以确保刘义符能够顺利即位并稳定统治。

巩固皇位：

刘裕在建立刘宋政权后，为了巩固自己的统治地位，采取了一系列措施，包括打压国内的皇室成员和势力。废帝作为东晋末帝，其地位和影响力仍然存在，刘裕为了彻底消除这些威胁，选择将其废黜。

历史教训：

刘裕可能也吸取了历史上禅让之君没有好下场的教训。他通过废黜废帝，向世人展示了自己的权威和决心，同时也为刘宋政权的稳定打下了基础。

综上所述，刘裕杀废帝并非出于残忍或无情，而是出于为接班人扫清障碍、消除隐患、巩固皇位以及吸取历史教训的考虑。这一举动虽然残酷，但在当时的政治环境下，却是刘裕为了确保刘宋政权稳定和延续所必须采取的措施。